Betriebsprüfung im E-Commerce: Auch die Einfuhrabgaben werden geprüft

Veröffentlicht am 14. August 2025
Betriebsprüfung im E-Commerce: Auch die Einfuhrabgaben werden geprüft

Warum E-Commerce-Händler zunehmend im Fokus der Finanzämter stehen

Die Finanzverwaltung hat in den letzten Jahren ihr Augenmerk verstärkt auf den Onlinehandel gerichtet. Kein Wunder – durch komplexe Lieferketten, internationale Warenbewegungen und digitale Geschäftsmodelle gibt es viele Angriffspunkte für steuerliche Prüfungen. Besonders kritisch: Zoll- und Einfuhrumsatzsteuer bei Warenimporten.

Händler wie du sollten sich daher nicht in falscher Sicherheit wiegen – selbst wenn „alles ordnungsgemäß“ abläuft. Denn schon kleine Fehler oder fehlende Nachweise können zu schmerzhaften Nachzahlungen und rechtlichen Konsequenzen führen. Neben der Betriebsprüfung erfolgt also oftmals gleichzeitig eine Zollprüfung. Diese ist in der Vergangenheit ausschließlich vom Zoll durchgeführt worden und somit sind kleine Händler durchgerutscht.

Durch neue Datenbankabfragen kann die Finanzverwaltung neben der Betriebsprüfung jetzt auch eine (oberflächliche) Zollprüfung durchführen.

Klassiker in der Betriebsprüfung: Fehlende Nachweise bei Einfuhrumsatzsteuer und Zoll

Ein häufiges Szenario in der Praxis:
Der Prüfer fragt: „Wo sind die Bescheide über Zoll und Einfuhrumsatzsteuer für Ihre Importware?“
Und du? Du hast nichts vorliegen.

In vielen Fällen liegt das daran, dass der Import via DDP (Delivered Duty Paid) erfolgt ist – das heißt, der Lieferant übernimmt die Verzollung und Versteuerung. Problematisch wird es, wenn du selbst nicht nachweisen kannst, dass diese Abgaben korrekt entrichtet wurden. Die Finanzverwaltung kann dies inzwischen digital einsehen und gegen deine Buchhaltung abgleichen. Es kann zwar so nicht auf Anhieb festgestellt werden, ob der richtige Zollsatz angewandt wurde, aber zumindest kann über diese vereinfachte Zollprüfung festgestellt werden, ob überhaupt die Einfuhrabgaben erklärt wurden.

Du bist in der Beweispflicht – und das kann teuer werden

Wenn du nicht eindeutig belegen kannst, dass Zoll und Einfuhrumsatzsteuer korrekt gezahlt wurden, bist du in der Pflicht. Und: Je nach Prüfer wird hier sehr genau hingeschaut.

Besonders heikel:

  • Einfuhrumsatzsteuer ist ein durchlaufender Posten, den du grundsätzlich wieder geltend machen kannst.

  • Zollzahlungen hingegen sind echte Kosten – sie lassen sich nicht rückerstatten.

  • Wird ein längerer Prüfungszeitraum betrachtet, summieren sich diese Beträge schnell auf.

Rückwirkende Anmeldung – besser spät als nie

Wenn dir auffällt, dass etwas fehlt, besteht die Möglichkeit, eine nachträgliche Anmeldung beim Zoll vorzunehmen. Natürlich ist das nicht optimal – aber besser, als dass der Prüfer dich damit überrascht. So kannst du das Ganze liquiditätsseitig einplanen und bist vorbereitet. Die Anmeldung erfolgt dann über das Hauptzollamt.

Wichtig:
Auch der Zoll selbst kann eine Prüfung durchführen, abhängig von deinem Importvolumen. Und hier wird dann auch der Zollsatz intensiv geprüft.

10 Jahre Aufbewahrungspflicht – das gilt auch für Importdokumente

Im E-Commerce gelten dieselben Grundsätze wie in anderen Branchen:
Alle Unterlagen müssen 10 Jahre lang revisionssicher archiviert werden.

Dazu zählen insbesondere:

  • Zollbescheide

  • Einfuhrumsatzsteuer-Bescheinigungen

  • Transport- und Liefernachweise

  • Handelsrechnungen und Zahlungsbelege

Wenn du hier keine vollständige Dokumentation vorlegen kannst, gerät schnell alles ins Wanken – und das Vertrauen des Prüfers geht verloren.

Betriebsprüfung = Stress? Nicht mit der richtigen Vorbereitung

Viele Händler geraten in Panik, wenn eine Prüfung ansteht – oft unbegründet, aber leider häufig auch nicht ganz unberechtigt.

Typische Fehlerquellen:

  • Vorsteuer wird ohne gültigen Beleg geltend gemacht
  • Belege sind nicht archiviert oder unvollständig
  • Geschäftsvorgänge wurden nicht korrekt erfasst
  • Dokumentationen fehlen (Reisekosten & Co.)
  • Pkws: Keine Fahrtenbücher und kein geldwerter Vorteil
  • Keine Verfahrensdokumentation

Was oft unterschätzt wird:
Betriebsprüfer sind gründlich. Es gibt entspannte Prüfer – aber auch solche, die jede Position detailliert analysieren.

Selbst kleine Fehler können große Folgen haben

Ein häufiger Trugschluss:
„Ich bin ja ein kleiner Händler – das wird schon keiner prüfen.“

Falsch gedacht. Gerade weil sich viele kleine Händler auf diese Annahme verlassen, geraten sie bei Prüfungen in Schwierigkeiten. Jeder Fehler – ob groß oder klein – kann zum Verhängnis werden.

Merke dir:
Nicht der Fehler selbst ist das Problem – sondern die fehlende Vorbereitung darauf.

Was du JETZT tun solltest

✅ Dokumente überprüfen

Mache einen Quercheck in deiner Buchhaltung. Hast du alle Belege und Nachweise für Importe, Zahlungen, Zölle?

✅ Risiken analysieren

Sprich mit deinem Steuerberater. Geht gemeinsam die Bereiche durch, in denen Risiken bestehen könnten.

✅ Nachweise sichern

Fehlt dir etwas? Fordere fehlende Dokumente nach oder dokumentiere den Vorgang plausibel. Besser jetzt als im Ernstfall.

✅ Systeme aufsetzen

Nutze digitale Archivierungssysteme, die GoBD-konform und revisionssicher sind.

E-Commerce bleibt im Visier der Behörden

Die Finanzverwaltung betrachtet den Onlinehandel als risikobehafteten Bereich. Das bedeutet nicht, dass du zwangsläufig etwas falsch gemacht hast – aber du musst vorbereitet sein.

Falls du bislang nicht geprüft wurdest, kannst du fast sicher sein, dass in den nächsten Jahren eine Prüfung bevorsteht – nicht, weil du verdächtig bist, sondern weil deine Branche stärker reguliert wird.

Fazit: Vorbereitung ist die beste Verteidigung

Im Onlinehandel gibt es viele steuerliche Besonderheiten – aber genauso viele Möglichkeiten, sich darauf vorzubereiten.
Wenn du dich mit den richtigen Maßnahmen absicherst, musst du einer Betriebsprüfung nicht mit Angst begegnen.

Wichtige Punkte noch einmal zusammengefasst:

  • Alle Importbelege aufbewahren

  • Einfuhrumsatzsteuer und Zoll selbst verwalten, wenn möglich

  • Nachweise revisionssicher archivieren

  • Risikobereiche regelmäßig prüfen lassen

  • Mit Experten sprechen, bevor es zu spät ist

 

Hast Du hier ein Thema? Dann vereinbare gerne einen Termin mit uns.

 

 

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